aptitude verwendet alle Konfigurationsdateien von APT plus seine eigenen. Diese finden Sie in der Datei .aptitude/config in ihrem Home-Verzeichnis. Hier werden auch die interaktiven Änderungen der Konfiguration gespeichert, die Sie zuvor über die Textoberfläche von aptitude vorgenommen haben. aptitude benutzt dabei die gleiche Syntax wie APT.

Um diese Einstellungen auf dem gesamten System anzuwenden, speichern Sie diese bspw. als zusätzliche Datei in der globalen Konfiguration von APT unter /etc/apt/apt.conf.d/lokale-aptitude-einstellungen. Diese Einträge stören APT nicht, da sie alle mit dem Präfix Aptitude:: beginnen.

Beispiel einer lokalen Konfigurationsdatei von aptitude. 

aptitude "";
aptitude::Keep-Unused-Pattern "";
aptitude::Delete-Unused-Pattern "";