Als Alternative zu obigem Weg stehen Ihnen stets die entsprechenden Sourcepakete oder der Quelltext als tar.gz-Archiv von der Projektseite zur Verfügung. In beiden Fällen übersetzen Sie den Programmcode selbst und installieren danach die dabei erzeugten Binärdateien auf ihrem System. Üblicherweise umfaßt das den Dreierschritt aus den Aufrufen ./configure, make und make install.

Das geht jedoch an der Paketverwaltung vorbei — diese bemerkt nicht, daß Sie ihrem System zusätzliche Software hinzugefügt haben. Dieser Schritt birgt die Risiken, daß a) nicht alle Abhängigkeiten der Software erfüllt werden, b) Konflikte mit einer gleichzeitig installierten, anderen Version des Programms entstehen und Sie c) die Software nur sehr mühselig wieder von ihrem System entfernen können. Nicht wenige Entwickler „vergessen“ in ihren Makefiles das Ziel uninstall (siehe [Drilling-Checkinstall-LinuxUser]).

Gleiches Ungemach droht Ihnen, wenn Sie zu einem späteren Zeitpunkt die eingespielte Software oder auch andere Pakete aktualisieren möchten. Nicht selten treten dann erhebliche Abhängigkeitsprobleme zu anderen Paketen auf. Komponenten, die Sie an der Paketverwaltung vorbei installiert haben, sind zwar vorhanden, werden aber von dieser als fehlende Abhängigkeit eingestuft.